江蘇省藥學會前身南京藥學會，于1951年2月14日成立，1954年改為中國藥學會南京分會，1962年將中國藥學會南京分會易名為中國藥學會江蘇分會。2002年召開了第六屆會員代表大會，選舉了毛季琳同志為理事長，陳振飛為秘書長新的一屆理事會，共73名理事。
學會設有組織、學術、科普培訓、財務監察工作委員會；有《江蘇藥學與臨床研究》編輯部；共有八個專業委員會即：藥劑、醫院藥學、藥化、藥分、中藥與天然藥物、藥學史、醫藥生物技術、藥事管理。
2008年5月26日在南京召開了江蘇省藥學會第七次會員代表大會，選舉產生了以江蘇省食品藥品監督管理局姚新中副局長為理事長的第七屆理事會，大會號召全體會員在新一屆理事會的領導下，堅持馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發展觀，堅持科學技術是第一生產力的思想，團結和組織全省藥學工作者，實施科教興省和可持續發展的戰略，推進藥學科學技術的普及和提高，促進藥學科技與經濟建設相結合，為我省經濟建設服務，為我省藥品監督管理工作服務，為會員和全省藥學工作者服務，為保障人民身體健康、構建社會主義和諧社會服務。
本屆理事會下設：組織工作委員會；學術、科普和培訓工作委員會；財務監察工作委員會等三個工作委員會和學會辦公室及《藥學與臨床研究》編輯部。下設：藥劑專業委員會；醫院藥學專業委員會；藥物化學專業委員會；藥物分析專業委員會；中藥與天然藥物專業委員會；藥學史專業委員會；醫藥生物技術專業委員會;藥事管理專業委員會; 執業藥師專業委員會、藥物不良反應專業委員會和感染藥學專業委員會等十一個專業委員會。