上海市農藥研究所建于1963年，曾經為上海地區乃至全國的農藥生產企業研發了近70種農藥產品，制訂過農藥的相關國家標準和行業標準十幾項，為全國人民的“衣食溫飽”作出了重要貢獻；著名的生物農藥產品：井岡霉素、阿維菌素至今還是國內作物保護的當家產品。
    近10年來，上海市農藥研究所除了潛心研究農藥創新產品、提供農藥標準物質、承接農藥產品登記試驗以外，還在食品安全保障領域開展了農藥殘留檢測技術研究，常年承擔市政府委托的，在全市范圍內開展的，從田頭生產到消費終端的，食品中農藥殘留檢測和相關食品安全評價工作；成為上海市食品安全地方標準審評委員會以及食品安全聯合會的成員。
      上海市農藥研究所建所50年來，在工業生物技術研究領域成績卓著。采用微生物法生產丙烯酰胺、煙酰胺、羥基乙酸的產業化技術填補了國內空白。在眾多的科研成果中，獲得和市級科技成果獎53項，其中國家科學技術進步獎一、二、三等獎各一項；獲國內外授權專利155項。
      以中國工程院沈寅初院士為代表的多位杰出科技工作者為我國的化工事業發展作出了重要貢獻。
      2014年下半年，上海市農藥研究所從國有企業轉制為民營企業。新的投資人，秉承本企業創新驅動發展理念，加大發展投入，創新人才發展和激勵機制，堅持發展現代服務業的方向，使企業走在持續創新發展的道路上。
      目前上海市農藥研究所擁有140余名研究人員，其中教授級高工5名，高級工程師12名；配備實驗用房8000㎡，各類試驗和檢測儀器價值3000余萬元；持有計量認證證書（證書編號：B）、食品檢驗機構資質認定證書（證書編號：F）、中國合格評定國家認可委員會實驗室認可證書（CNAS No.L2121）、農業部農藥登記試驗單位證書（殘留和環境毒理）、無公害農產品檢測機構證書；綠色食品檢測機構和有機食品檢測機構證書，可以承擔的農藥產品及農藥中間體檢測項目已達400多種，基本涵蓋了國內現有的農藥品種；掌握了200多種農藥殘留的檢測方法，收集了國內外（包括自主研發的）300多種農藥殘留的檢測方法，向社會提供農藥質量檢測、農產品中農藥殘留檢測、農藥標準物質等多種服務內容。